Über die älteste Geschichte des Ortes Merschwitz ist sehr wenig bekannt. Die Gründung fällt wahrscheinlich in das 9. Jahrhundert, ist aber erst 1345 erstmalig urkundlich erwähnt. Durch Merschwitz führt die Hohe Straße. Als Salzstraße eine wichtige Handelsstraße, die von Schlesien und der Oberlausitz über Großenhain nach Leipzig führte. Dieser Verkehr war nur durch eine Fähre möglich, in früheren Jahren wurde eine Furt genutzt.

Bomätscher hatten in Merschwitz ihren Hauptsitz.
1567 wurde Merschwitz zum Rittergut erhoben. Zu dieser Zeit wird ein Fährhaus, eine Schenke, ein Hufschmied, die Kirche und ein Pfarrhaus erwähnt.


Die Kirche, wohl erst eine kleine Kapelle, stammt mit Sicherheit aus der Zeit vor der Reformation. An ihr wurden immer wieder An- und Umbauten vorgenommen. Um 1700 wurde eine neue Kirche gebaut, die aber nach einem Brand im Siebenjährigen Krieg ( 1765 ) saniert und erweitert wurde. Nach einem weiteren Brand ( 1805 ) wurde die Kirche 1893 wiederum umgebaut.

In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts war die Kirche etwa 25 Jahre eine Bauruine, die nicht mehr genutzt werden konnte. Nach einer umfassenden Rekonstruktion konnte die Kirche am 1. Advent des Jahres 1989 wieder eingeweiht und ihrer Bestimmung übergeben werden.

Das einzig erhaltene alte Stück ist der Mittelteil eines 1517 von dem Großenhainer Meister Pankratius Gruber angefertigten Flügelaltars. Dieser wurde um 2000 umfassend restauriert und dabei wurden die sehr schadhaften, viel später aufgebrachten Farbreste entfernt.